1910. október 29-én született Budapesten.
1936-ban végzett a Zeneművészeti Főiskolán, ahol karnagyi oklevelet, orgonából és zeneszerzésből végbizonyítványt, majd állami művészi oklevelet szerzett.
1948-ban feleségül vette Werner Mária énekművésznőt, aki a Magyar Állami Operaház magánénekese, huszonkét éven át az Országos Filharmónia szólistája és több éven át a Concert Bureu de Paris szólistája volt. Két gyermekük és két unokájuk van.
Pécsi Sebestyén nővére, Auguszta iskolánk énektanára volt. Fiaik, Gyula és Imre is ide jártak iskolába.
Pécsi Sebestyén orgonaművészként járta be az egész világot, szerepelt a rádióban és a televízióban. Tizennégy lemeze jelent meg, Bach, Liszt, Hindemith és Kodály műveket játszott ezeken.
Kodály Zoltán tanítványa volt. És tanítványból tanár lett. Pécsi Sebestyén 1940-től volt a Zeneakadémia tanára. 1980-ban nyugdíjba vonult. Négy évtizedes tanári pályája során növendéke volt Ligeti György, Lehotka Gábor, Virág Endre, Kistétényi Melinda, Hidas Frigyes, Kurtág György és Lukin László.
Pécsi Sebestyén kitűnő orgonaművész és pedagógus volt.
Liszt-díjjal tüntették ki 1957-ben, 1974-ben a Magyar Népköztársaság Érdemes Művésze lett.
A Zeneművészeti Főiskola jubileumi aranygyűrűvel ajándékozta meg 35 és 40 éves főiskolai tanársága alkalmából.
Könyvei és orgonafelvételei, egész művészi és pedagógiai munkássága hazánk szellemi örökségét gazdagítja.
1991. május 8-án hunyt el Budapesten.